5-Aza-Cytidine Enhances Terminal Polyadenylation Site Usage for Full-Length Transcripts in Cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract As an inhibitor of DNA methyltransferases (DNMTs) and an anti-cancer drug, 5-aza-cytidine (5-azaC)’s many effects on gene expression remains unclear. Here, we show that 5-azaC treatment of cultured GH 3 pituitary tumour cells increases relative usage of genomic terminal exons (GTEs) across the transcriptome. This effect is largely achieved by shifting mRNA polyadenylation from proximal poly(A) sites to GTEs, which harbour a more optimal consensus motif of poly(A) signals. Consistent with this shift, 5-azaC upregulates the mRNA anti-termination factors Scaf4 and Scaf8 while downregulating the early termination enhancer E2f2. In MOLM-13 leukaemia cells, 5-azaC similarly promotes the production of full-length transcripts and regulates alternative polyadenylation factors, some of which in the same direction as observed in GH 3 cells. Moreover, PCF11, a factor known to promote proximal poly(A) site usage, is upregulated in both cell lines, suggesting a homeostatic response by these cells to counteract transcript lengthening during 5-azaC treatment. Together, these findings uncover a previously unrecognized effect of 5-azaC on gene expression: directional promotion of terminal polyadenylation site usage, driving a transcriptome-wide switch from shortened to full-length mRNAs in tumour or cancer cells and consequently altering the alternative usage of multiple 3′ exons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».