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Enregistrement W4392189336 · doi:10.1101/2024.02.15.580574

A Neural Network Approach to Identify Left-Right Orientation of Anatomical Brain MRI

2024· preprint· en· W4392189336 sur OpenAlexfundno aff
Kei Nishimaki, Hitoshi Iyatomi, Kenichi Oishi

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiCommonwealth Scientific and Industrial Research OrganisationNorthern California Institute for Research and EducationF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaBiogenEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbBioClinicaU.S. Department of DefenseMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationPfizerAlzheimer's Association
Mots-clésOrientation (vector space)Artificial intelligenceTemporal lobeCorpus callosumConvolutional neural networkPsychologyPlanum temporaleComputer scienceLateralization of brain functionNeuroscienceMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Left-right orientation misidentification in brain MRIs presents significant challenges due to several factors, including metadata loss or ambiguity, which often occurs during the de-identification of medical images for research, conversion between image formats, software operations that strip or overwrite metadata, and the use of older imaging systems that stored orientation differently. This study presents a novel application of deep-learning to enhance the accuracy of left-right orientation identification in anatomical brain MRI scans. A three-dimensional Convolutional Neural Network model was trained using 350 MRIs and evaluated on eight distinct brain MRI databases, totaling 3,384 MRIs, to assess its performance across various conditions, including neurodegenerative diseases. The proposed deep-learning framework demonstrated a 99.6% accuracy in identifying the left-right orientation, thus addressing challenges associated with the loss of orientation metadata. GradCAM was used to visualize areas of the brain where the model focused, demonstrating the importance of the right planum temporale and surrounding areas in judging left-right orientation. The planum temporale is known to exhibit notable left-right asymmetry related to language functions, underscoring the biological validity of the model. More than half of the ten left-right misidentified MRIs involved notable brain feature variations, such as severe temporal lobe atrophy, arachnoidal cysts adjacent to the temporal lobe, or unusual cerebral torque, indicating areas for further investigation. This approach offers a potential solution to the persistent issue of left-right misorientation in brain MRIs and supports the reliability of neuroscientific research by ensuring accurate data interpretation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,026

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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