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Enregistrement W4392189720 · doi:10.1101/2024.02.21.581474

Convergent evolution of plant prickles is driven by repeated gene co-option over deep time

2024· preprint· en· W4392189720 sur OpenAlexaff
James Satterlee, David Alonso, Pietro Gramazio, Katharine M. Jenike, Jia He, Andrea Arrones, Gloria Villanueva, Mariola Plazas, Srividya Ramakrishnan, Matthias Benoit, Iacopo Gentile, Anat Hendelman, Hagai Shohat, B. P. Fitzgerald, Gina M. Robitaille, Yumi Green, Kerry Swartwood, Michael J. Passalacqua, Edeline Gagnon, Rebecca Hilgenhof, Trevis D. Huggins, Georgia C. Eizenga, Amit Gur, Twan Rutten, Nils Stein, Shengrui Yao, Clément Bellot, Mohammed Bendahmane, Amy Frary, Sandra Knapp, Tiina Särkinen, Jesse Gillis, Joyce Van Eck, Michael C. Schatz, Yuval Eshed, Jaime Prohens, Santiago Vilanova, Zachary B. Lippman

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Reproductive Biology
Établissements canadiensUniversity of TorontoUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesConselleria de Innovación, Universidades, Ciencia y Sociedad Digital, Generalitat ValencianaNational Institutes of HealthDirectorate for Biological SciencesSibbald TrustAgencia Estatal de InvestigaciónEuropean Social FundInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementEuropean CommissionEuropean Regional Development FundGeneralitat ValencianaDeutsche ForschungsgemeinschaftNational Science FoundationNational Geographic Society
Mots-clésBiologyConvergent evolutionSolanumEvolutionary biologyParallel evolutionGeneTraitPlant evolutionInheritance (genetic algorithm)PhylogeneticsBotanyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract An enduring question in evolutionary biology concerns the degree to which episodes of convergent trait evolution depend on the same genetic programs, particularly over long timescales. Here we genetically dissected repeated origins and losses of prickles, sharp epidermal projections, that convergently evolved in numerous plant lineages. Mutations in a cytokinin hormone biosynthetic gene caused at least 16 independent losses of prickles in eggplants and wild relatives in the genus Solanum . Strikingly, homologs promote prickle formation across angiosperms that collectively diverged over 150 million years ago. By developing new Solanum genetic systems, we leveraged this discovery to eliminate prickles in a wild species and an indigenously foraged berry. Our findings implicate a shared hormone-activation genetic program underlying evolutionarily widespread and recurrent instances of plant morphological innovation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,017
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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