Screening out molecular pathways and prognostic biomarkers of ultraviolet-mediated melanoma through computational techniques
Notice bibliographique
Résumé
Purpose Ultraviolet radiation causes skin cancer, but the exact mechanism by which it occurs and the most effective methods of intervention to prevent it are yet unknown. For this purpose, our study will use bioinformatics and systems biology approaches to discover potential biomarkers of skin cancer for early diagnosis and prevention of disease with applicable clinical treatments. Methods This study compared gene expression and protein levels in ultraviolet-mediated cultured keratinocytes and adjacent normal skin tissue using RNA sequencing data from the National Center for Biotechnology Information-Gene Expression Omnibus (NCBI-GEO) database. Then, pathway analysis was employed with a selection of hub genes from the protein-protein interaction (PPI) network and the survival and expression profiles. Finally, potential clinical biomarkers were validated by receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. Results We identified 32 shared differentially expressed genes (DEGs) by analyzing three different subsets of the GSE85443 dataset. Skin cancer development is related to the control of several DEGs through cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity, cell cycle regulation, and activation of the NIMA kinase pathways. The cytoHubba plugin in Cytoscape identified 12 hub genes from PPI; among these 3 DEGs, namely, AURKA, CDK4, and PLK1 were significantly associated with survival ( P < 0.05) and highly expressed in skin cancer tissues. For validation purposes, ROC curve analysis indicated two biomarkers: AURKA (area under the curve (AUC) value = 0.8) and PLK1 (AUC value = 0.7), which were in an acceptable range. Conclusions Further translational research, including clinical experiments, teratogenicity tests, and in-vitro or in-vivo studies, will be performed to evaluate the expression of these identified biomarkers regarding the prognosis of skin cancer patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».