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Enregistrement W4392201402 · doi:10.1101/2024.02.16.580653

Profiling Glioma Stem Cell Dynamics via 3D-based Cell Cycle Reporter Assays

2024· preprint· en· W4392201402 sur OpenAlexaff
Dorota Lubanska, Antonio Roye‐Azar, Sami Alrashed, Alan Cieslukowski, Mohamed Soliman, Ana C. deCarvalho, Abdalla Shamisa, Swati Kulkarni, Lisa A. Porter

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensUniversity of OttawaWestern UniversityUniversity of Windsor
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCell cycleStem cellBiologyGliomaNeurosphereComputational biologyNeuroscienceDynamics (music)CellCancer researchCell biologyCellular differentiationAdult stem cellGeneticsPsychologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Successful containment of unwanted cell cycle progression in tumours such as glioblastoma (GBM) requires targeted therapeutic approaches which rely on understanding cell cycle dynamics in response to microenvironmental stimuli. Glioma Stem Cells (GSCs) can drive tumour initiation, recurrence, therapy resistance, and are often attributed to the heterogeneity and plasticity of GBM. In vitro models using patient-derived GSCs provide a life relevant tool for exploration of complex molecular mechanisms underlying the aggressive characteristics of GBM. Introduction of 3D tissue culture systems permits the study of spatial complexity of the tumour mass and enables control over diverse conditions within the surrounding microenvironment. This chapter demonstrates detailed methods to study spatio-temporal changes to the cell cycle dynamics using available fluorescent cell cycle reporter systems in combination with bioinformatics-based signal intensity and localization analysis. We present a successful approach that investigates the 3D cell cycle dynamics of GSC populations. This approach utilizes GBM neurosphere and organoid cultures, which are assessed over time and under therapeutic pressure. These models can be further explored, manipulated, and customized to serve specific experimental designs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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