Investigation of expression of genes encoding glycogen degrading enzymes in <i>Gardnerella swidsinskii</i> and identification of reference genes for quantitative real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gardnerella spp. express and export enzymes for the breakdown of glycogen into glucose, maltose, and malto-oligosaccharides for consumption by the vaginal microbiota but how the expression of these “public goods” is affected by substrate and product levels in the environment is not known. Accurate measurement of relative gene expression using real-time quantitative PCR relies on the identification of appropriate reference genes whose expression levels remain constant under the conditions of the study. Currently, no reference genes have been identified for gene expression analysis of Gardnerella spp. The objectives of this study were to identify reference genes and apply them in determining the relative gene expression levels of genes encoding α-amylase and α-amylase-pullulanase in media supplemented with substrate (glycogen) or a preferred product (maltotriose). Ten candidate reference genes were evaluated and analysis of Cq values from qPCR using multiple algorithms identified uppS (encoding polyprenyl diphosphate synthase) as the top comprehensively ranked reference gene followed by gatA (encoding Asp-tRNA/Glu-tRNA amidotransferase subunit gatA). Interpretation of the Cq values for α-amylase and α-amylase-pullulanase was performed by applying these two reference genes in the calculation of relative gene expression levels. α-amylase-pullulanase gene expression was upregulated in media supplemented with 1% glycogen in comparison to media supplemented with 1% maltotriose suggesting a regulatory mechanism in G. swidsinskii that responds to nutrient availability. No significant difference in gene expression of α-amylase was observed suggesting expression is not influenced by substrate availability. The RNA purification protocol and reference genes validated in this study will be useful in future studies of gene expression in Gardnerella . Importance Knowledge of the factors affecting growth of vaginal microbiota is critical to understanding how vaginal dysbiosis is initiated and maintained. Overgrowth of Gardnerella species including G. swidsinskii is a hallmark of bacterial vaginosis. These organisms break down vaginal glycogen and the products become available for uptake by Gardnerella and other microbiota. Measuring how expression of genes encoding glycogen degrading enzymes relates to relative abundance of substrate and products in the environment requires development of protocols for RNA purification and identification of reference genes for RT-qPCR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».