Abstract A012: Genomic landscape of somatic alterations identified in endometrial cancer using liquid biopsy
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: With advances in understanding the biology of endometrial cancer, molecular sub-groups have been defined to assess prognosis and guide treatment decisions. This classification is based on surrogate markers in archival paraffin-embedded tissues. The landscape of somatic alterations as detected by liquid biopsy has not been well described in advanced endometrial cancer. Methods: A retrospective analysis was performed using de-identified genomic data collected from patients with advanced endometrial cancer who underwent liquid biopsy testing with a 74-83 gene panel as part of clinical care (Guardant360, Guardant Health, Inc.). Results: 1,988 females with a median age of 68 [range 23-95] years were included in the analysis. 45% of patients were tested at diagnosis of advanced disease; 43% were tested at time of disease progression. 91.6% of patients had ≥1 somatic alteration detected and 12% of patients were MSI-High. The most frequently altered genes included TP53 (65%), PIK3CA (31%), PTEN (27%), ARID1A (24%), like prior reports of genomic alterations detected in tissue samples. CCNE1 amplifications were enriched in 11% of samples with TP53 alterations (p<0.0001; q<0.0001) and EGFR amplifications were enriched in samples without TP53 alterations (p<0.0001; q<0.0001). MSI-H samples were enriched for alterations in ARID1A, PTEN, PIK3CA, ATM, MSH6 and others, while samples without MSI were enriched for alterations in TP53 and CCNE1 (p<0.0001; q<0.0001). Oncogenic fusions were rare in this cohort (0.2%) and included FGFR1 and FGFR3 rearrangements. Activating, druggable alterations were identified in PIK3CA, KRAS, ERBB2, and BRCA1/2. Putative pathogenic germline alterations were detected in 61 (3%) patients and included ATM (18%), BRCA1 (33%), BRCA2 (21%), and lower frequencies of CHEK2, FANCA, MLH1, MSH2, MSH6, and PALB2. Conclusions: While descriptive in nature, this analysis is the largest cohort of advanced endometrial cancer analyzed using a clinically available liquid biopsy assay and demonstrates the feasibility of somatic alteration detection. This report paves the way for using liquid biopsy as a potential tool for guiding targeted chemotherapeutic strategies. Citation Format: Leylah Drusbosky, Ginger Haynes, Brooke Grant, Pamela Sobernis, Stephanie Lheureux. Genomic landscape of somatic alterations identified in endometrial cancer using liquid biopsy [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Endometrial Cancer: Transforming Care through Science; 2023 Nov 16-18; Boston, Massachusetts. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2024;30(5_Suppl):Abstract nr A012.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».