PA-390 Evaluation of the Saline Gargle collection method for the molecular detection and sequencing of SARS-CoV-2 in Botswana
Notice bibliographique
Résumé
Background Inadequate sampling poses challenges in the COVID-19 diagnostic cycle. Nasopharyngeal swabs are gold-standard but often associated with patient discomfort, require trained healthcare workers (HCW), and are resource intensive. The saline gargle (SG) method has proven to be acceptable for respiratory pathogen detection. We performed a prospective cross-sectional study to evaluate the SG method against the nasopharyngeal and oropharyngeal (NO/OP) method in the molecular detection and next generation sequencing (NGS) of SARS-CoV-2 in Botswana. Methods Eligible participants aged ≥5 years, who were close contacts of a positive case, and/or presented with clinical symptoms of COVID-19, were recruited December 2021- January 2022, and July-September 2022. NP/OP samples were HCW-collected followed by SG collection where participants swished and gargled 5ml sterile 0.9% saline for 20 seconds. Samples collected December 2021-January 2022 underwent nucleic acid extraction and RT-PCR while samples collected July-September 2022 were tested with GeneXpert SARS-CoV-2 Assay. McNemar exact test was used to analyze comparability of testing with significance set as P<0.05. Post-recruitment, random sampling of 10 lab-confirmed SARS-Cov-2 positive stored sample pairs underwent NGS. Results Of 127 pairs, 25 matched samples tested positive for SARS-CoV-2 on both sampling methods. Additionally, SG had 6 false negatives and one sample which was positive but negative with NP/OP. Statistical analysis revealed some evidence of a difference in the detection of SARS-CoV-2 between SG and NP/OP samples (p=0.031). SG showed an overall sensitivity of 81.25% (95%CI 68.8%-96.0%). NGS was successful in 16 samples, 10 SG and 6 NP/OP. The 5 matched successful pairs revealed similar genomic strains (73–100% relatedness). All samples had mutations of high affinity to ACE2 receptor in the Spike gene suggesting circulation of Omicron variant. Conclusion The SG method is a reliable and logistically easier alternative for SAR-CoV-2 detection and NGS to contribute toward efforts of COVID-19 surveillance in Botswana.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».