Biological and genomic characteristics of three novel bacteriophages and a phage-plasmid of <i>Klebsiella pneumoniae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Bacteriophages have emerged as promising candidates for the treatment of difficult-to-treat bacterial infections. The aim of this study is to isolate and characterize phages infecting carbapenem-resistant and extended-spectrum beta-lactamase producer Klebsiella pneumoniae isolates. Water samples were taken for the isolation of bacteriophages. One-step growth curve, the optimal multiplicity of infection (MOI), thermal and pH stabilities, transmission electron microscopy and whole-genome sequencing of phages were studied. Four phages were isolated and named Klebsiella phage Kpn02, Kpn17, Kpn74, and Kpn13. The optimal MOI and latent periods of phage Kpn02, Kpn17, Kpn74, and Kpn13 were 10, 1, 0.001, and 100 PFU/CFU and 20, 10, 20, and 30 min, respectively. Burst sizes ranged from 811 to 2363. No known antibiotic resistance and virulence genes were identified. No tRNAs were detected except Klebsiella phage Kpn02 which encodes 24 tRNAs. Interestingly, Klebsiella phage Kpn74 was predicted to be a lysogenic phage whose prophage is a linear plasmid molecule with covalently closed ends. Of the Klebsiella-infecting phages presented in current study, virulent phages suggest that they may represent candidate therapeutic agents against MDR K. pneumoniae, based on short latent period, high burst sizes and no known antibiotic resistance and virulence genes in their genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».