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Enregistrement W4392529524 · doi:10.1101/2024.02.28.582087

Glutamine addiction is targetable via altering splicing of nutrient sensors and epitranscriptome regulators

2024· preprint· en· W4392529524 sur OpenAlexfundno aff
Jodie Bojko, Madhu Kollareddy, Marianna Szemes, Jacob Bellamy, Evon Poon, Ahmad Moukachar, Danny Legge, Emma E. Vincent, Nicholas Jones, Sally Malik, Alexander Greenhough, Alex Paterson, Ji Hyun Park, Kelli Gallacher, Louis Chesler, Karim Malik

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDirectorate for Biological SciencesLittle Princess TrustIpsenChildren's Cancer and Leukaemia GroupNeuroblastoma UKBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilUniversity of BristolCancer Research UKMcGill University
Mots-clésGene knockdownRNA splicingSpliceosomeNeuroblastomaBiologyRNA-binding proteinMessenger RNAAlternative splicingCancer researchRNACell biologyApoptosisMolecular biologyGeneGeneticsCell culture

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT About 50% of poor prognosis neuroblastoma arises due to MYCN over-expression. We previously demonstrated that MYCN and PRMT5 proteins interact and PRMT5 knockdown led to apoptosis of MYCN amplified (MNA) neuroblastoma. Here we evaluate PRMT5 inhibitors GSK3203591/GSK3326593 as targeted therapeutics for MNA neuroblastoma and show MYCN-dependent growth inhibition and apoptosis. RNAseq revealed dysregulated MYCN transcriptional programmes and altered mRNA splicing, converging on key regulatory pathways such as DNA damage response, epitranscriptomics and cellular metabolism. Metabolic tracing showed glutamine metabolism was impeded following GSK3203591 treatment, which disrupted the MLX/Mondo nutrient sensors via intron retention of MLX mRNA. Glutaminase (GLS) protein was decreased by GSK3203591 despite unchanged transcript levels, suggesting post-transcriptional regulation. We demonstrate the RNA methyltransferase METTL3 and cognate reader YTHDF3 proteins are lowered following splicing alterations; accordingly, we observed hypomethylation of GLS mRNA and decreased GLS following YTHDF3 knockdown. In vivo efficacy of GSK3326593 was confirmed by increased survival of Th-MYCN mice together with splicing events and protein decreases consistent with in vitro data. Our study supports the spliceosome as a key vulnerability of MNA neuroblastoma and rationalises PRMT5 inhibition as a targeted therapy. GRAPHICAL ABSTRACT

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,203
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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