Adaptation during the transition from <i>Ophiocordyceps</i> entomopathogen to insect associate is accompanied by gene loss and intensified selection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Fungal and bacterial symbiosis is an important adaptation that has occurred within many insect species, which usually results in the relaxation of selection across the symbiont genome. However, the evolutionary pressures and genomic consequences associated with this transition are not well understood. Pathogenic fungi of the genus Ophiocordyceps have undergone multiple, independent transitions from pathogen to associate, infecting soft-scale insects trans-generationally without killing them. To gain an understanding of the genomic adaptations underlying this transition, long-read sequencing was utilized to assemble the genomes of both Parthenolecanium corni and its Ophiocordyceps associate from a single insect. A highly contiguous haploid assembly was obtained for Part. corni , representing the first assembly from a single Coccoidea insect, in which 97% of its 227.8 Mb genome was contained within 24 contigs. Metagenomic-based binning produced a chromosome-level genome for Part. corni ’s Ophiocordyceps associate. The associate genome contained 524 gene loss events compared to free-living pathogenic Ophiocordyceps relatives, with predicted roles in hyphal growth, cell wall integrity, metabolism, gene regulation and toxin production. Contrasting patterns of selection were observed between the nuclear and mitochondrial genomes specific to the associate lineage. Intensified selection was most frequently observed across nuclear orthologs, while selection on mitochondrial genes was found to be relaxed. Furthermore, scans for diversifying selection identified associate specific selection within three adjacent enzymes catalyzing acetoacetate’s metabolism to acetyl-COA. This work provides insight into the adaptive landscape during the transition to an associate life history, along with a base for future research into the genomic mechanisms underpinning the evolution of Ophiocordyceps .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».