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Enregistrement W4392588478 · doi:10.1016/j.gimo.2024.101614

P710: Phenome-wide association study (PheWAS) for the Canadian HostSeq Biobank

2024· article· en· W4392588478 sur OpenAlexaffabout
Erika Frangione, Xinyi Xu, Vincent Chapdelaine, Selina Casalino, Navneet Aujla, Radhika Mahajan, Lochana Jayachandran, Gregory Morgan, Mackenzie Scott, Juliet Young, Brendan C. Dickson, Saranya Arnoldo, Erin Bearss, Alexandra Binnie, Bjug Borgundvaag, Howard Chertkow, Marc Clausen, Marc Dagher, Luke Devine, Steven Friedman, Anne‐Claude Gingras, Lee Goneau, Deepanjali Kaushik, Zeeshan Khan, Elisa Lapadula, Georgia MacDonald, Tony Mazzulli, Allison McGeer, Shelley McLeod, Chloe Mighton, Trevor J. Pugh, David J. Richardson, Jared T. Simpson, Seth Stern, Lisa J. Strug, Ahmed Taher, Iris L. K. Wong, Natasha Zarei, Elena Greenfeld, Yvonne Bombard, Abdul Noor, Hanna Faghfoury, Jennifer Taher, Daniel Taliun, Jordan Lerner‐Ellis

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine Open · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRadiomics and Machine Learning in Medical Imaging
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenOntario Institute for Cancer ResearchWomen's College HospitalUniversity Health NetworkUniversity of TorontoMcGill UniversityBaycrest HospitalWilliam Osler Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhenomeBiobankAssociation (psychology)BiorepositoryBiologyComputational biologyMedicineBioinformaticsGeneticsPsychologyGenomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The HostSeq database is a repository containing genome sequencing (GS) results and harmonized clinical data for ∼10,000 Canadians infected with SARS-CoV-2 over the COVID-19 pandemic. HostSeq is being used to facilitate research efforts in understanding the risks for disease and health outcomes. Phenome-wide association studies (PheWAS) are an approach used to identify associations between a large number of clinical phenotypes simultaneously and specific genetic markers. This comprehensive analysis can potentially reveal novel genetic risk factors related to diverse health conditions and inform disease prevention and treatment strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,683
Score d'incertitude au seuil0,949

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,378
Écart entre enseignants0,340 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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