MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4392591795 · doi:10.1016/j.gimo.2024.101334

P440: Decoding the GANAB enigma: Novel insights into pediatric cystic kidney disease

2024· article· en· W4392591795 sur OpenAlexaff
Adel Moideen, Mathieu Lemaire

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine Open · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePediatric Urology and Nephrology Studies
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDiseaseDecoding methodsKidney diseaseMedicinePathologyComputer scienceInternal medicineAlgorithm

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Autosomal-dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is predominantly linked to PKD1 or PKD2 mutations. Pathogenic GANAB variants, which encode neutral alpha-glucosidase AB, cause ADPKD type 3 (OMIM 600666). Since the gene-disease association was first reported in 20167, 18 kindreds have been described. We describe a 5-year-old male who initially presented with hypotonia, hypermobility, developmental delay, soft skin in distal extremities, macrocephaly and pulmonary stenosis. A condition resembling Ehlers-Danlos syndrome was suspected, but genetic testing was negative. He also had five urinary tract infections between ages before age 5 and needed neurosurgery for a tethered spinal cord at age 4. Other abnormalities uncovered in the process include kidney cysts, a pituitary microadenoma, and small cyst in the filum terminale of the spinal cord. His brother has kidney cysts and a history of cystic hydrocephalus that required neurosurgical intervention. His mother has kidney and hepatic cysts and was also diagnosed with Adie’s pupil (abnormal pupillary response to light). Whole exome sequencing revealed a novel pathogenic GANAB variant (c.2575C>T; p.Gln859Ter) shared by the two siblings and their mother, in keeping with ADPKD type 3; no other variants were identified that could explain the extended neurophenotype of the two brothers. Located on the 22nd exon (out of 24), this variant is predicted to lead to nonsense-mediated decay. The only neurological abnormality for patients with GANAB variants is intracranial aneurysms in three individuals from one family; it is unclear if the other known cases all underwent neuroimaging. The fact that the two boys both have cysts affecting various brain regions suggests that it may be a rare manifestation of this condition. On that basis, we recommend that all patients diagnosed with ADPKD type 3 should undergo neuroimaging. It is unknown if the other non-cystic phenotypes documented in this kindred are causally linked to the GANAB variant.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,244
Score d'incertitude au seuil0,669

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,305 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenetics in Medicine OpenMême sujetPediatric Urology and Nephrology StudiesTravaux en français237 207