Whole Genome Analysis of Two Pectobacterium Species Isolated from Blackleg Disease of Potato Occurred in Nagasaki Prefecture, Japan
Notice bibliographique
Résumé
In Japan, Dickeya dianthicola, D. chrysanthemi, Pectobacterium atrosepticum, P. parmentieri, and P. brasiliense are known as blackleg disease pathogens of potato. A transient outbreak of the blackleg disease occurred in Nagasaki Prefecture, and the pathogens were identified as P. parmentieri and P. brasiliense. Because repetitive extragenic palindromic PCR showed clonal relatedness among strains in each species, two Nagasaki strains (NK5 and NK14) were selected as the representative strains, and their whole genome sequences were determined. Average nucleotide identity analysis supported the identification in the previous study. Multilocus sequence analysis with seven housekeeping genes indicated the relationship between NK14 and other strains isolated in Japan, Russia, China, Switzerland, Poland, and Belgium. NK5 was related to the strains from various geographic locations including Syria, China, Canada, South Korea, Netherlands, Algeria, South Africa, Mexico, and Belarus. Subsequently, core genome multilocus sequence typing was performed with publicly available sequences, indicating that NK14 and NK5 were most closely related to the strains Poland/Russian and Netherlands/Belarus/Russia, respectively. This study concerns the first phylogenetic analyses based on the whole genome sequences of Japanese strains of P. parmentieri and P. brasiliense, and contributes to the molecular epidemiological analysis of the pathogen of potato blackleg.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».