Oocyte and embryo culture under oil profoundly alters effective concentrations of small molecule inhibitors
Notice bibliographique
Résumé
Culture of oocytes and embryos in media under oil is a cornerstone of fertility treatment, and extensively employed in experimental investigation of early mammalian development. It has been noted anecdotally by some that certain small molecule inhibitors might lose activity in oil-covered culture systems, presumably by drug partitioning into the oil. Here we took a pseudo-pharmacological approach to appraise this formally using mouse oocytes and embryos. Using different culture dish designs with defined media:oil volume ratios, we show that the EC50 of the widely employed microtubule poison nocodazole shifts as a function of the media:oil ratio, such that nocodazole concentrations that prevent cell division in oil-free culture fail to in oil-covered media drops. Relatively subtle changes in culture dish design lead to measurable changes in EC50. This effect is not specific to one type of culture oil, and can be readily observed both in oocyte and embryo culture experiments. We subsequently applied a similar approach to a small panel of widely employed cell cycle-related inhibitors, finding that most lose activity in standard oil-covered oocyte/embryo culture systems. Our data suggest that loss of small molecule activity in oil-covered oocyte and embryo culture is a widespread phenomenon with potentially far-reaching implications for data reproducibility, and we recommend avoiding oil-covered culture for experiments employing inhibitors/drugs wherever possible.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».