Decoding Cryptic Population Structures using Stable Isotope Markers
Notice bibliographique
Résumé
Life-history diversity has been shown to contribute to the resilience of species but can be challenging to quantify, particularly where intra-population genetic structure is lacking. Such is the case for salmon within many fisheries of the North American Pacific Northwest, where the resolution of genetic markers is variable and limited. For Sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) within the U.S.-Canada transboundary Taku Watershed, for example, single-nucleotide polymorphisms have successfully distinguished populations associated with specific inland lakes but allocates many individuals to an undifferentiated “River Type” stock. The extent and dynamics of geographic structure within this stock, and thus its potential contribution to the fishery’s resilience, remain unresolved.In such cases, intrinsic non-genetic markers that record key aspects of life history, such as the isotope ratios of body tissues, can provide valuable information on population structure and diversity. We combined a recently published stream network model for strontium stable isotopes (87Sr/86Sr) with otolith (ear stone) microchemistry data to infer the geographic natal origins of 45 adult fish captured during the 2019 run. Our analysis was implemented in a Bayesian framework and leveraged radio tag data as a source of prior information. We distinguish 4 previously undifferentiated sub-populations within the River Type stock, characterized by groups of fish with distinct natal 87Sr/86Sr values and, by inference, natal habitat locations. Although data from additional years will be needed to assess the persistence of these patterns, the result implies potential for previously unrecognized geographic structure within the River Type stock as a contributor to resilience within the population. The lack of genetic differentiation among the subpopulations may suggest that plasticity of habitat use is prevalent and contributes to adaptation. Alternatively, individuals may exhibit strong site fidelity, but differentiation of these sub-populations may be relatively recent or obscured by gene flow. Distinction between these hypotheses should be resolvable by applying the Sr-isotope method to fish recovered across multiple years.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».