Genome wide association study in Swedish Labrador retrievers identifies genetic loci associated with hip dysplasia and body weight
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genome wide association studies (GWAS) have been utilized to identify genetic risk loci associated with both simple and complex inherited disorders. Here, we performed a GWAS in Labrador retrievers to identify genetic loci associated with hip dysplasia and body weight. Hip dysplasia scores were available for 209 genotyped dogs. We identified a significantly associated locus for hip dysplasia on chromosome 24, with three equally associated SNPs (p = 4.3 × 10–7) in complete linkage disequilibrium located within NDRG3, a gene which in humans has been shown to be differentially expressed in osteoarthritic joint cartilage. Body weight, available for 85 female dogs, was used as phenotype for a second analysis. We identified two significantly associated loci on chromosome 10 (p = 4.5 × 10–7) and chromosome 31 (p = 2.5 × 10–6). The most associated SNPs within these loci were located within the introns of the PRKCE and CADM2 genes, respectively. PRKCE has been shown to play a role in regulation of adipogenesis whilst CADM2 has been associated with body weight in multiple human GWAS. In summary, we identified credible candidate loci explaining part of the genetic inheritance for hip dysplasia and body weight in Labrador retrievers with strong candidate genes in each locus previously implicated in the phenotypes investigated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».