Ineffectiveness of international travel restrictions to contain spread of the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant: a continent-wide laboratory-based observational study from Africa
Notice bibliographique
Résumé
Background: In mid-November 2021, the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant was detected in Southern Africa, prompting international travel restrictions of unclear effectiveness that exacted a substantial economic toll. Methods: Amidst the BA.1 wave, we tested 13,294 COVID-19 patients in 24 African countries between mid-2021 to early 2022 for BA.1 and Delta variants using real-time reverse transcription-PCR tests. The diagnostic precision of the assays was evaluated by high-throughput sequencing in four countries. The observed BA.1 spread was compared to mobility-based mathematical simulations. Findings: By November-December 2021, BA.1 had replaced the Delta variant in all African sub-regions following a South-North gradient, with a median Rt of 2.4 up to 30 days before BA.1 became predominant. PCR-based South-North spread was in agreement with phylogeographic reconstructions relying on 939 SARS-CoV-2 genomes from GISAID. PCR-based reconstructions of country-level BA.1 predominance correlated significantly in time with the emergence of BA.1 genomic sequences on GISAID (p=0.0035, cor=0.70). First BA.1 detections in affluent settings beyond Africa were predicted adequately in time by mobility-based mathematical simulations (p<0.0001). BA.1-infected inbound travelers departing from five continents were identified in five Western countries and one Northern African country by late November/early December 2021, highlighting fast global BA.1 spread aided by international travel. Interpretation: Unilateral travel bans were poorly effective because by the time they came into effect, BA.1 was already widespread in Africa and beyond. PCR-based variant typing combined with mobility-based mathematical modelling can inform rapidly and cost-efficiently on Rt, spread to inform non-pharmaceutical interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».