Occurrence in sick animals and genetic heterogeneity of Siberian isolates of bovine respiratory syncytial virus (Pneumoviridae: <i>Orthopneumovirus</i>; BRSV) identified in the territories of the Ural, Siberian Federal District and the Republic of Kazakhstan
Notice bibliographique
Résumé
Introduction. Bovine respiratory syncytial virus (Pneumoviridae: Orthornavirae, Orthopneumovirus; Bovine orthopneumovirus, Bovine respiratory syncytial virus, BRSV) is one of causative agents of respiratory diseases in animals. The study of the occurrence and genetic diversity of this pathogen is of particular importance. Objective. To study the frequency of virus in animals using RT-PCR and genetic heterogeneity of isolates based on determining the complete nucleotide sequence of glycoprotein G gene. Materials and methods. A 381-bp region of glycoprotein F gene was used for identification of virus genome, while complete nucleotide sequences of G gene were used for phylogenetic analysis. Phylogenetic trees were constructed using the maximum likelihood method in MEGA 7.0 software. Results. During outbreaks of respiratory diseases, BRSV RNA was detected in animals of all ages in samples of lungs, nasal secretions, pulmonary lymph nodes. Complete nucleotide sequences of glycoprotein G gene, 771 bp in length were obtained for five isolates and 789 bp in length ‒ for two isolates. Nucleotide similarity between them was 87–100%. Phylogenetic analysis assigned the isolates to subgroups II and III, each of which included two isolates. A separate clade formed by K18 isolate from animals imported from Canada and sequences from vaccines containing the attenuated «375» strain. Conclusion. The virus genome was identified in cows and heifers (20.0 and 14.3%), in calves up 1 month of age (3.05%), and in calves from 1 to 6 months of age (6.7%). Complete G gene nucleotide sequence analysis is a useful tool for studying the molecular epidemiology of BRSV on particular territories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».