Enrichment of Rare Variants of Hemophagocytic Lymphohistiocytosis Genes in Systemic Juvenile Idiopathic Arthritis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Objective To evaluate whether there is an enrichment of rare variants in familial hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) genes and systemic juvenile idiopathic arthritis (sJIA) with or without macrophage activation syndrome (MAS). Methods Targeted sequencing of HLH genes ( LYST, PRF1, RAB27A, STX11, STXBP2, UNC13D ) was performed in sJIA subjects from an established cohort. Sequence data from control subjects were obtained in silico (dbGaP:phs000280.v8.p2). Rare variant association testing (RVT) was performed with sequence kernel association test (SKAT) package. Significance was defined as p<0.05 after 100,000 permutations. Results Sequencing data from 524 sJIA cases were jointly called and harmonized with exome-derived target data from 3000 controls. Quality control operations produced a set of 481 cases and 2924 ancestrally-matched control subjects. RVT of sJIA cases and controls revealed a significant association with rare protein-altering variants (minor allele frequency [MAF]<0.01) of STXBP2 (p=0.020), and ultra-rare variants (MAF<0.001) of STXBP2 (p=0.007) and UNC13D (p=0.045). A subanalysis of 32 cases with known MAS and 90 without revealed significant association of rare UNC13D variants (p=0.0047). Additionally, sJIA patients more often carried ≥2 HLH variants than did controls (p=0.007), driven largely by digenic combinations involving LYST . Conclusion We identified an enrichment of rare HLH variants in sJIA patients compared with healthy controls, driven by STXBP2 and UNC13D . Biallelic variation in HLH genes was associated with sJIA, driven by LYST . Only UNC13D displayed enrichment in patients with MAS. This suggests that HLH variants may contribute to the pathophysiology of sJIA, even without MAS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».