Environmental DNA for assessing impact and recovery of aquatic communities in an invaded mountain lake
Notice bibliographique
Résumé
Beaulieu J, Yates MC, Astorg L, Trépanier-Leroux D, Jeon H, Rudko SP, Humphries S, Fraser DJ, Cristescu ME, Derry AM. 2024. Environmental DNA for assessing impact and recovery of aquatic communities in an invaded mountain lake. Lake Reserv Manage. 40:111–131. The eradication of invasive species and associated side effects that influence the reestablishment of biological communities is a major challenge for conservation management of invaded ecosystems. We present a before-and-after-disturbance whole lake manipulation study from a high-elevation mountain lake in which we applied a 2-pronged approach to environmental DNA (eDNA) for assessing (1) impact and recovery of aquatic communities to the chemical eradication of invasive brook trout (Salvelinus fontinalis) and (2) the success of chemical eradication of the invasive fish. Using 18S and cytochrome oxidase I (COI) eDNA metabarcoding, we contribute to a paucity of literature that has comprehensively addressed nontarget effects of rotenone for invasive fish eradication on aquatic communities. We found that key trophic groups (phytoplankton, fungi, zooplankton, and macroinvertebrates) changed in community composition in response to rotenone applications. Fungi and macroinvertebrates, but not zooplankton and phytoplankton, reverted back toward pre-rotenone communities over the time scale of 2 yr. However, COI failed to detect several key species for food web reestablishment that were detected using physical specimen collection, likely due to low primer efficiency. We also found that quantitative polymerase chain reaction (qPCR), using species-specific primers, was effective for detecting brook trout presence/absence, although strong eDNA signals likely produced from carcasses in the ecosystem limited the utility of eDNA immediately following rotenone treatment. We provide specific recommendations for lake managers for the future application of eDNA approaches to monitor invasive fish eradication efforts and nontarget community effects for lake ecosystem restoration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».