Genomic and phenotypic imprints of microbial domestication on cheese starter cultures
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Domestication – the artificial selection of wild species to obtain variants with traits of human interest– was integral to the rise of civilization. During the neolithic, the oversupply of food enabled by the domestication of crop plants and farm animals was associated with the invention of food preservation strategies through microbial fermentation. However, it remains unclear whether fermented food microbes show similar signs of domestication by humans like plants or animals. Only a few eukaroytic have been studied so far in this respect (e.g., yeasts used in mantou or wine), whereas little is known for bacteria. Here, we tested if cheese starter cultures harbour typical hallmarks of domestication by characterising over 100 community samples and over 100 individual strains isolated from historical and modern traditional Swiss cheese starter cultures. We find that cheese starter cultures have low genetic diversity both at the species and strain-level and are taxonomically and phenotypically stable. Our analyses further suggest that the evolutionary origin of the bacteria in cheese starter cultures coincided with the start of cheesemaking as reported from archeological records. Finally, we find evidence for ongoing genome decay and pseudogenization via transposon insertion related to a reduction of their niche breadth. These characteristics suggest that cheese starter cultures were domesticated by humans before knowing about microbes, potentially starting as early as the neolithics Future work documenting the prevalence of these hallmarks across diverse fermented food systems and geographic regions will be key to unveiling the joint history of humanity with fermented food microbes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».