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Enregistrement W4392985032 · doi:10.1136/jitc-2024-itoc10.29

P02.10 Simplifying high-parameter phenotypic and functional characterization of cancer immune cells

2024· article· en· W4392985032 sur OpenAlexaff
A-S Thomas-Claudepierre, Deeqa Mahamed, Mevaseret Cohen, Shuang Li, Lauren Tracey, Heng-Chen Yao, Charles Yuen Yung Loh, Lawrence K. Fung

Notice bibliographique

RevuePoster presentations · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Biosensing Techniques and Applications
Établissements canadiensCanadian Standards Association
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCharacterization (materials science)PhenotypeImmune systemCancerComputer scienceComputational biologyBiologyImmunologyMaterials scienceNanotechnologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<h3>Background</h3> Interrogating immune cell composition andfunction in patients with cancer is critical for making disease prognoses,monitoring clinical efficacy of tumor immunotherapies, identifying novel therapeutic targets, and discovering pre-dictive biomarkers of disease. Both the adaptive and innate arms of the immune system play important roles in generating pro-or anti-tumor milieus. Effector cells such as NK cells and T cells can directly kill tumor cells via secretion or cell-surface expression of cytolytic proteins and modulate the immune response through costimulatory molecules. <h3>Materials and Methods</h3> In multiple myeloma, malignant plasma cells accumulate in the bone marrow through clonal expansion, crowding out other cells and leading to anemia, renal insufficiency, immunosuppression, and increasing risk of multisystem organ damage if untreated. Cellular and antibody-mediated immunotherapeutic approaches, including CAR T cells and monoclonal antibodies targeting CD38, have been developed to treat multiple myeloma. Since NK cells can also indirectly impact CAR T cell or antibody-based immuno-therapies, characterizing these cells using optimized and reproducible assays is critical. <h3>Results</h3> CyTOF®is a high-plex flow cytometry technology that uses metal-isotope-taggedantibodies to probe cellular phenotypes and functions. In contrast tofluorescence-based conventional and spectral flow cytometry, CyTOF experimental workflows are streamlined because autofluorescence is not an issue and signal spillover is minimal, allowing rapid design and application of 40-plus-marker panels. To expand on the increasing clinical and preclinical utility of the 30-marker Maxpar® Direct™ Immune Profiling Assay™ (Maxpar Direct Assay), we developed 9 add-on Expansion Panels for deeper phenotyping of specific cell types and activation states, including panels designed to characterize ex vivo and activated myeloid cells, T cells, and NK cells. <h3>Conclusions</h3> Here we demonstrate combining the Maxpar Direct Immune Profiling Assay with the NK Cell Expansion Panel (CD181, NKp30, NKp46, PD-1, NKG2A, ICOS, and TIGIT) or the T Cell Expansion Panel 3 (OX40, TIGIT, CD69, PD-1, Tim-3, ICOS, and 4-1BB) with the Basic Activation Expansion Panel (IL-2,TNFα, IFNγ, CD107a, perforin, granzyme B) to enable deep immunoprofiling of multiple myeloma PBMC. <b>A. Thomas-Claudepierre:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>D. Mahamed:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>M. Cohen:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>S. Li:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>L. Tracey:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>H. Yao:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>C. Loh:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools. <b>L. Fung:</b> A. Employment (full or part-time); Significant; Standard BioTools.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,048
Score d'incertitude au seuil0,291

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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