Region-specific establishment of bacterial communities in the small intestine of neonatal calves from birth
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Initial microbial colonization plays an important role in neonatal gut health. However, studies on gut microbial composition at birth are challenging, due to the limited access to accurate sampling. Here, we characterized the jejunal and ileal bacterial composition (epimural and luminal) of neonatal calves within 30 minutes after birth, and compared it with maternal (birth canal and rectum) and birth environments. RNA-based quantification along with amplicon sequencing revealed the colonization of active, dense (1.1–9.4 × 108 16S rRNA copy/g of sample), and diverse bacteria in the calf small intestine at birth. Pseudomonadaceae and Propionibacteriaceae dominated epimural communities, while Propionibacteriaceae, Prevotellaceae, Ruminococcaceae, and Lachnospiraceae dominated luminal communities. The composition of calf gut bacteria at birth was significantly different from maternal bacteria, especially for beneficial bifidobacteria. The bacterial communities of calf body habitats were similar to those of the birth environment, which was again divergent from gut microbiota. This study suggests an establishment of small intestinal-specific microbiota from birth, which is considerably deviated from maternal microbiota. In corollary, we further propose that small intestinal microbiota colonization could be mainly modulated by host selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».