Abstract 149: Modeling patient-specific <i>CHEK2</i> genetic variants associated with high-risk neuroblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Neuroblastoma (NB) is the most common extra-cranial solid tumor in children and accounts for approximately 10% of childhood cancer deaths. Recently, next-generation sequencing of patients enrolled in the SickKids Cancer Sequencing (KiCS) program revealed somatic and germline alterations in genes involved in the DNA damage response (DDR). Multiple germline and somatic pathogenic variants in CHEK2 were detected in patients with NB. Aims and Methods: To better understand potential roles for CHEK2 in NB pathogenesis, we are modeling patient-derived CHEK2 variants in an established transgenic zebrafish model of MYCN-driven NB. Using a CRISPR/Cas9 “knock-in” approach, we have generated stable zebrafish lines that are homozygous and heterozygous for variants of interest with either null, heterozygous, or wild-type tp53 functional status. We aim to assess tumor incidence, growth, and metastasis using direct visualization of disseminated EGFP+ tumor cells, as compared to MYCN over-expression only control fish. Given potential drug sensitivities, we also plan to assess the efficacy of various DDR pathway inhibitors in combination with frontline chemotherapies, which are effective in the treatment of DDR-deficient adult cancers. Results: Targeting chek2 in a tp53 null background had no significant effect on tumor incidence and growth compared to tp53 mutant control animals (p=0.1570 log-rank test). This contrasts with other patient-specific DDR models including gene targeting brca2 (p=0.0235, log-rank test), atm (p<0.001, log-rank test), and bard1 (p<0.001, log-rank test), potentially highlighting Tp53-dependent roles for Chek2 in NB formation in vivo. Through functional characterization of patient-specific CHEK2 variants in NB progression, our work will provide important preclinical information that will inform future diagnostics and therapeutic strategies for patients with high-risk NB. Citation Format: Xueting Xiong, Sarah Cohen-Gogo, Anita Villani, Adam Shlien, Meredith S. Irwin, Madeline Hayes. Modeling patient-specific CHEK2 genetic variants associated with high-risk neuroblastoma [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 149.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».