Abstract 6440: Novel N-myristoyltransferase immunohistochemistry-based predictive and prognostic tests for breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Breast cancer (BC) is the most common cancer worldwide, surpassing lung cancer incidence for the first time in 2020, and is the most common cancer diagnosed in American women. Despite the relative success of endocrine therapies in treating hormone receptor-positive (HR+) BC, de novo and developed resistances to these therapies (endocrine resistance) are still significant concerns. Furthermore, triple-negative breast cancer has a poor prognosis and remains one of the most challenging cancers to treat. We have discovered that the expression and localization of N-myristoyltransferase 2 (NMT2) could be prognostic and predictive markers for metastatic BC. We determined the expression patterns of NMT2 by immunohistochemical (IHC) analyses on primary tumor samples from treatment naïve BC patients. This retrospective study was blinded, and the tumor tissues in duplicate were stained with NMT2 monoclonal/polyclonal antibodies on an autostainer (Leica Bond). Stained slides were scored, and an "H" score representing the intensity and percent positive cells was given to each sample. In a combined cohort of BC represented by ER+, Triple Positive, and Triple Negative (n= 598) cases, we determined the expression and localization of NMT2. The localization pattern of NMT2 turned out to be a significant prognostic and predictive molecular signature. The nuclear localization serves as both prognostic and predictive markers. In a cohort of 447 ER+ BC cases that included 18 triple positive cases, the majority of the cases showed negative staining for nuclear NMT2 (n=394) and positive nuclear staining with differential expression in 53 cases. Whereas, in a cohort of 151 TNBC cases, nuclear NMT2 staining was positive in most cases (n= 116) and negative in 20 cases (undetermined; n= 15). The most important finding was the dichotomy of the nuclear NMT2 staining in predicting treatment response and prognosis. Both high cytoplasmic H score (>180) and positive nuclear staining (>0) predicted significant association with worse clinical outcomes for OS (HR = 1.72, P = .0284, 95% CI 1.06 to 2.81 for cytoplasmic NMT2 and HR = 1.74, P = 0.0006, CI 1.27 to 2.39 for the nuclear NMT2). Nuclear NMT2 status alone predicted a significant association with worse clinical outcomes to RFS (HR = 1.56, P = 0.0027, CI 1.17 to 2.09). The data from our study indicate that NMT2 could be a potential marker for predicting the likelihood of recurrence of BC and become part of routine first-line prognostic and predictive tests. Citation Format: Anuraag Shrivastav, Dean Reddick, Abinash Meher, Shailly Varma Shrivastav, Sahil Mittal, Vijayakrishna K. Gadi, Leigh Murphy. Novel N-myristoyltransferase immunohistochemistry-based predictive and prognostic tests for breast cancer [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 6440.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».