Abstract 3203: Extravasation and metastasis dynamics are cytoplasmically controlled by the epitranscriptome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Non-coding RNA (ncRNA) and RNA binding proteins (RBPs) primarily reside in the nucleus to regulate splicing, transcription, and transcript stability. However, their role(s) in the cytoplasm were unclear until now. Evidence now suggests that ncRNAs within the cytoplasm play an important role in cancer invasion. In concert with MT1-MMP, a protease involved in invadopodia formation, long non-coding RNAs (lncRNAs) and RBPs form cytoplasmic complexes with MT1-MMP, which we termed “R-bodies” and are abundant in invasive breast cancer cells. RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq) of only the cytoplasm identified the RNA at the core of these complexes to be metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1 (MALAT1), a lncRNA which has been previously described as playing a fundamental role in cancer but only within the nucleus. Further investigation revealed that R-body-associated-MALAT1 was m6A-epigenetically marked. Depletion of any component of R-bodies and inhibition of m6A epigenetic marking of MALAT1 halted R-body formation and subsequent cell invasion. Importantly, we demonstrate that this cytoplasmic complex can be functionally targeted using RNA therapy against m6A-MALAT1 as well as drugs which inhibit the methyltransferase responsible for the m6A methylation of MALAT1. The identification of R-bodies has far-reaching implications and links the roles of cytoplasmic ncRNA and RBPs to the progression of disease. Citation Format: Olivia R. Grafinger, Gobi Thillainadesan, Boyang Su, Yulin Mo, Xin Xu, Sara Mar, Minzhi Sheng, Sumaitha Al Islam, Jennifer Geddes-McAllister, Marc G. Coppolino, Hansen H. He, Gang Zheng, Katarzyna J. Jerzak, Hon S. Leong. Extravasation and metastasis dynamics are cytoplasmically controlled by the epitranscriptome [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 3203.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».