Abstract 6385: St. Jude Survivorship Portal: Sharing and analyzing large clinical and genomic datasets from pediatric cancer survivors
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Survivors of childhood cancer are at risk for developing various adverse health conditions as adults that are attributable to the cancer and treatments they were exposed to as children. Cancer survivorship research relies on large-scale, longitudinal studies that generate a wide range of demographic, clinical, and genetic data on cancer survivors. Nevertheless, the absence of cancer survivorship data portals has made it challenging to broadly share cancer survivorship data. We have created the St. Jude Survivorship Portal (https://survivorship.stjude.cloud), the first data portal for sharing, analyzing, and visualizing childhood cancer survivorship data. The portal hosts data from two large cohorts of pediatric cancer survivors: the St. Jude Lifetime Cohort Study (SJLIFE) and the Childhood Cancer Survivor Study (CCSS). Over 1,600 clinical variables and over 400 million genetic variants from over 7,700 childhood cancer survivors are stored on the portal. The data can be explored using an interactive data dictionary and a genome browser specialized for population genetics analysis. Summary statistics of variables and genetic variants are computed on-the-fly and visualized through interactive and customizable charts. Survivor cohorts can be filtered or customized and may also be divided into groups for comparative analysis. Tools for performing cumulative incidence and regression analyses have been integrated into portal environment, allowing users to perform real-time statistical analyses on the stored survivorship data. Finally, users may also download individual-level clinical and genotype data from the portal using the controlled-access data download feature. Through various use-cases of survivorship research, we used the portal to explore the ototoxic effects of platinum-based chemotherapy, uncover a novel association between limb amputation, age, and long-term mental health, and identify a novel haplotype in MAGI3 strongly associated with cardiomyopathy specifically in survivors of African ancestry. The St. Jude Survivorship Portal provides a comprehensive, powerful, and easy-to-use interface for sharing and analyzing childhood cancer survivorship data that will serve as a valuable research tool for the broader survivorship research community. Citation Format: Gavriel Matt, Edgar Sioson, Jian Wang, Congyu Lu, Airen Zaldívar Peraza, Karishma Gangwani, Robin Paul, Colleen Reilly, Aleksandar Acić, Kyla Shelton, Qi Liu, Stephanie Sandor, Clay McLeod, Weiyu Qiu, Jaimin Patel, Fan Wang, Cindy Im, Zhaoming Wang, Carmen L. Wilson, Nickhill Bhakta, Kirsten Ness, Gregory T. Armstrong, Melissa M. Hudson, Leslie L. Robison, Jinghui Zhang, Yutaka Yasui, Xin Zhou. St. Jude Survivorship Portal: Sharing and analyzing large clinical and genomic datasets from pediatric cancer survivors [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 6385.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,069 | 0,029 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».