Abstract 969: Tumor-agnostic ctDNA monitoring in patients with metastatic HR+/HER2- breast cancer receiving first-line CDK4/6 inhibitor and endocrine therapy
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: CDK4/6-inhibitors (-i) in combination with endocrine therapy are first-line treatment for metastatic HR+/HER2- breast cancer (mBC). Baseline circulating tumor DNA (ctDNA) burden and changes on therapy are prognostic in mBC. GuardantINFINITY is a tumor-agnostic platform which measures aggregated epigenomic methylation signals that can distinguish ctDNA from non-tumor derived signals and permits the detection of somatic alterations in a 753 NGS panel. Longitudinal measurement of ctDNA quantity and characterization of emerging mutations may permit early identification of resistance and allow for intervention prior to clinical/radiographic progression. Methods: Patients with HR+/HER2- mBC receiving CDK4/6i were enrolled in a prospective cohort study from 2018 onwards. Plasma samples were collected at baseline (prior to initiation of CDK4/6i) and regularly in clinical follow up. Samples were analyzed using the GuardantINFINITY platform. Clinical information, pathologic characteristics, and dates of clinical progression were collected. Results: 57 patients with 350 clinical timepoints (median of 5 per patient, range 2-15) were evaluated. Median follow up was 28.6m (range: 0.9-64.3m). Median age at diagnosis of mBC was 59 (range: 38-88). CDK4/6i received included 42/57 (73%) palbociclib, 14/57 (25%) ribociclib and 1/57 (2%) abemaciclib; 40/57 (70%) were in combination with an aromatase inhibitor and 17/57 (30%) with fulvestrant. 5/350 (1.4%) of samples failed analysis related to low cfDNA input. ctDNA was detected (by methylation) in 49/57 (86%) at baseline (1 fail, 7 not detected), and 208/345 (60%) of all samples. Median methylation-based tumour fraction (TF) at baseline was 0.0132 (range: 0.000875-0.433); a higher baseline methylation TF (≥1%) was associated with worse CDK4/6i-PFS (14.7m vs. 26.7m; HR: 2.27, 95%CI: 1.12-4.62, p=0.023). 19/49 patients had ctDNA clearance, which was associated with improved CDK4/6i-PFS (34.4m vs. 13.9m; p<0.0001). In longitudinal sampling, methylation TF rose prior to clinical progression and genomic alterations associated with CDK4/6i-resistance were detected, including copy-number loss in RB1. Conclusion: Baseline methylation TF and ctDNA clearance as measured by GuardantINFINITY were prognostic in this cohort. Longitudinal sampling permitted genomic characterization and detection of alterations conferring acquired-resistance prior to clinical progression. Clinical correlates of ctDNA detection, clearance, and further serial genomic analyses will be presented. Citation Format: Mitchell J. Elliott, Jesús Fuentes-Antrás, Aaron Dou, Nancy Gregorio, Elizabeth Shah, Emily Van de Laar, Geethika Yalamanchili, Leylah M. Drusbosky, Eitan Amir, Michelle B. Nadler, Celeste Yu, Hal K. Berman, Lillian L. Siu, Philippe L. Bedard, David W. Cescon. Tumor-agnostic ctDNA monitoring in patients with metastatic HR+/HER2- breast cancer receiving first-line CDK4/6 inhibitor and endocrine therapy [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 969.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».