Abstract 1450: Novel whole slide imaging modes for imaging mass cytometry reveal cellular and structural composition of mouse glioblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mouse tumors have become widely used models in translational research of brain malignancies, helping to address the difficulties related to studying the human brain. Mouse brain can be regarded as a miniaturized model of the human brain, permitting visualization of the whole tissue to provide spatial cellular context. Imaging Mass Cytometry™ (IMC™) is a highly relevant tool capable of quantitative evaluation of the multiparametric protein composition in brain tumor microenvironment (TME) without the complications of autofluorescence, tissue degradation, and spectral overlap. The Hyperion XTi™ Imaging System (Standard BioTools™) utilizes IMC technology to simultaneously assess more than 40 individual structural and functional markers in tissue, providing insight into the organization and function of the TME. We demonstrate the whole slide imaging (WSI) application using a 40-marker panel composed of the Maxpar OnDemand™ Mouse Immuno-Oncology IMC Panel Kit and the Maxpar® Neuro Phenotyping IMC Panel Kit on mouse normal and glioblastoma (GBM) brain tissue. The panel was composed of mouse-specific antibodies, which highlight tumor and immune components of the mouse TME. We performed imaging using two new features of Hyperion™ XTi. Ultrafast preview mode (PM) was applied to rapidly screen entire brain sections for marker expression signatures associated with various immuno-oncology processes. This enabled biomarker-guided selection of areas in tumor tissue that were imaged using region of interest-based IMC and analyzed using single-cell analysis (SCA). In parallel, a high-throughput tissue mode (TM) was applied to perform a detailed whole-slide scan of normal and GBM mouse brain tissues that were quantified using pixel-based analysis (PBA) to unravel the composition of the TME. Using TM, we were able to successfully visualize the entire coronal and sagittal sections of normal mouse brain as well as mouse GBM tissue. PBA on TM data provided quantitative spatial expression patterns of structural and immune markers across the whole tissue. In normal tissue, we visualized the highly organized structure of the normal brain and detected neurons, oligodendrocytes, vascular-adjacent astrocytes, and axonal tracks. In GBM tissue, necrotic cores, areas with high immune infiltration, extracellular matrix deposits, and activated tumor cells were detected. SCA of GBM tissue demonstrated expansive vascularization, replicating Olig2+ cells, activation of Ras signaling, and high abundance of infiltrating immune cells. Overall, we demonstrate the successful application of two novel WSI modes and highlight the power of IMC technology to simultaneously explore dozens of relevant biological outputs to better understand the TME of GBM and other tumors. For research use only. Not for use in diagnostic procedures. Citation Format: Qanber Raza, Nick Zabinyakov, Thomas D. Pfister, Nikesh Parsotam, David Howell, Liang Lim, Christina Loh. Novel whole slide imaging modes for imaging mass cytometry reveal cellular and structural composition of mouse glioblastoma [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 1450.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».