Abstract 6853: Spatial proteomic and transcriptomic characterization of the inflammatory landscape of formalin fixed paraffin embedded Barrett’s esophagus tissues
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Esophageal adenocarcinoma (EAC), a significant cause of morbidity and mortality, develops from its metaplastic precursor lesion termed Barrett’s esophagus (BE). BE progresses to EAC within an inflammation rich environment, however a detailed understanding of the types of inflammatory cells present, how that population changes over time or diagnosis, and the related immunomodulatory pathways that may mediate BEs progression is still understudied. Traditional immunohistochemistry is often inadequate to provide detailed information about a broad number of cells, local cellular proportions, and cellular heterogeneity; while bulk or single cell RNA sequencing lose the spatial context and relationships between the stroma and epithelium. Utilizing modern multiplex profiling technologies such as Nanostring’s GeoMx digital Profiler (DSP) aid in identifying both cellular composition and distribution of cells within the epithelium and stroma. Therefore, our aim of this study was to determine the suitability of the DSP platform for analyzing formalin fixed paraffin embedded (FFPE) endoscopic samples of BE and determine any differences between non-dysplastic BE (NDBE) samples from patients who eventually progressed (progressors) compared to those who did not (non-progressors), with the goal to gain deeper insights about cellular composition and spatial distribution of immune cells that may dictate progression of BE. Our secondary goal was to investigate the relationship of these cells to the BE epithelial cells through understanding the immune signaling and regulatory pathways. Our pilot study utilizing a 49-plex antibody panel on 7 NDBE samples from progressors and 8 NDBE samples from non-progressors showed good quality metrics and deciphered an immune rich microenvironment in BE with several immune markers including CD66b (neutrophils), CD14 (monocytes), CD68 (macrophages) and CD56 (NK cells) being overexpressed in the stroma of progressors compared with non-progressors, corrected p value less than 0.05. The myeloid activation marker CD80 was overexpressed in the BE epithelial cells of progressors. To determine how spatial transcriptomic profiling performed in FFPE endoscopic samples, 1,812 transcripts within 48 regions of interest of four BE, HGD, and EAC samples was interrogated. Only 36 (2%) probes fell below the limit of detection quality threshold. Thus, our pilot results show that robust proteomic and transcriptomic profiling can be obtained from endoscopic BE biopsies using this system. Based on these results, we systematically interrogated the immune cell makeup and distribution as well as their related inflammatory and immunoregulatory pathways in 40 NDBE biopsies (20 progressors and 20 with stable non-progressing disease) within discrete compartments (stroma and epithelium) through spatial whole transcriptome profiling. Citation Format: Qurat ul Ain, Nicola Frei, Amir M. Khoshiwal, Pim Stougie, Robert Odze, Sophie Camilleri-Broet, Lorenzo Ferri, Lucas C. Duits, Jacques Bergman, Matthew D. Stachler. Spatial proteomic and transcriptomic characterization of the inflammatory landscape of formalin fixed paraffin embedded Barrett’s esophagus tissues [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2024; Part 1 (Regular Abstracts); 2024 Apr 5-10; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2024;84(6_Suppl):Abstract nr 6853.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».