Abstract 2263 A repressive compartment silences subtelomeric chromatin in trypanosomes
Notice bibliographique
Résumé
Chromatin compartmentalization is essential for the monogenic expression of variant surface glycoprotein (VSG) genes in African trypanosomes. Trypanosomes express one out of 2,500 VSG genes at a time from telomeric expression sites (ESs). VSGs form a homogenous surface coat essential for parasite evasion of host antibodies by antigenic variation. Trypanosomes periodically switch the VSG expressed by transcriptional switching among telomeric ESs or by VSG gene recombination. Most silent VSG genes are subtelomeric and silenced by mechanisms still not understood. We found that subtelomeric chromatin is organized within repressive compartments essential for silencing VSG genes. Chromatin capture (Pore-C) experiments showed significant enrichment in interactions of silent subtelomeres, whereas the actively transcribed subtelomeric VSG gene interacts with highly transcribed chromosome loci. Fluorescence in situ hybridization and microscopy analysis confirmed telomeric and subtelomeric chromatin compartmentalization. In vivo crosslinking and mass spectrometry interaction analysis of the phosphatidylinositol phosphate 5-phosphatase (PIP5Pase) protein, which regulates VSG gene silencing, revealed a network of interactions involved in compartment assembly and gene repression. Genetic mutations that affect PIP5Pase activity resulted in the reorganization of subtelomeric chromatin, followed by transcription of silent subtelomeric genes and the switching in VSG gene expression. The data indicate that subtelomeric chromatin assembles into repressive compartments that coordinates the repression of hundreds of VSG genes. The compartments are essential for coordinated expression of surface antigens during antigenic variation. This work was funded by Canadian Institutes of Health Research (IC); The Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (IC); Fonds de Recherche du Québec - Nature et Technologie (IC); Canada Foundation for Innovation (IC); and FRQNT-Ukraine postdoctoral fellowship (OK).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».