Abstract 1201 "Isolation and Characterization of Bacteriophages Infecting Metal Iron-reducing Bacterium Shewanella oneidensis MR-1"
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial viruses, or bacteriophages (phages) represent the most abundant biological entities on earth. Phages are known to attack specific bacteria, but their specificity of interaction is deeply under-characterized and focused only on model bacterial systems. The goal of this project was to isolate and characterize double-stranded DNA phages for Shewanella oneidensis MR-1, a bacterium with applications in electro-biotechnology. Toward this goal, it was enriched with more than 35 environmental samples with Shewanella oneidensis MR-1 and carried out plaque (a zone of clearance) assays to isolate 10 different phages. Then serial dilutions and spot assays were performed to estimate phage numbers in plaque forming units and extracted their genomic DNA by the Promega Wizard method. The phage samples are being prepared for image analysis by Transmission Electron Microscope (TEM) and genome sequencing using Illumina genome sequencing. Finally, assays are being planned to identify phage-specific host receptors using barcoded loss-of-function mutant libraries. By studying S. oneidensis MR-1 interaction with diverse phages, we will gain insight into the host genetic factors that render bacteria susceptible or resistant to killing by specific phages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».