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Enregistrement W4393166864 · doi:10.1016/j.jbc.2024.106229

Abstract 2246 Nitrogenase: Beyond the Resting State

2024· article· en· W4393166864 sur OpenAlexfundno aff
Douglas C. Rees, Jens T. Kaiser, Limei Zhang, Rebeccah A. Warmack

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2024
Typearticle
Langueen
DomainePharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
ThématiqueChemical Reactions and Isotopes
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCalifornia Institute of Technology
Mots-clésNitrogenaseResting state fMRIChemistryNitrogen fixationBiologyNeuroscienceGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The enzyme nitrogenase has the remarkable ability to catalyze the reduction of dinitrogen to ammonia to under physiological conditions. The mechanistic questions related to how nitrogenase overcomes the kinetic stability of the NN triple bond to fix dinitrogen under ambient conditions have intrigued chemists for the past century. We have applied a structure-based approach to examine how nitrogenase uses iron-sulfur metalloclusters and ATP-dependent electron transfer to reduce dinitrogen and other substrates. A puzzling feature of the nitrogenase mechanism has been how to reconcile the relative stability of the FeMo-cofactor with the reactivity towards dinitrogen. Our studies have established that binding of ligands to nitrogenase under turnover conditions can be accompanied by the reversible displacement and rearrangements of sulfurs in the catalytic FeMo-cofactor; these rearrangements may provide clues how the active site is activated during the catalytic cycle. The complementary strengths of X-ray and electron scattering are being used to illuminate the structural foundations of this process. We gratefully acknowledge support from the Howard Hughes Medical Institute (DCR), NIH GM143836 (RAW), NSERC postdoctoral fellowship (LMZ) and the Caltech Beckman Institute for the Molecular Observatory (JTK) and cryo-EM facilities.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,020

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,421
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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