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Enregistrement W4393167510 · doi:10.1016/j.jbc.2024.105982

Abstract 1205 The mitochondrial ClpP protease: from basic principles to drug discovery

2024· article· en· W4393167510 sur OpenAlexaffabout
Walid A. Houry

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMitochondrial Function and Pathology
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDrug discoveryProteaseComputational biologyDrugBiologyChemistryPharmacologyBioinformaticsBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mitochondrial matrix ClpP is a serine protease that forms a tetradecameric cylindrical structure. ClpP acts as a complex with the hexameric ATPase ClpX to form the ClpXP ATP-dependent protease. ClpXP is responsible for mitochondrial protein quality control through specific degradation of proteins involved in several metabolic processes. Furthermore, ClpP overexpression is required in many cancer cells to eliminate ROS-damaged proteins and to sustain oncogenesis. Targeting ClpP to dysregulate its function using small molecule agonists is a recent strategy in cancer therapy. Here, we describe the mechanism of function of ClpXP and the development of novel compounds that dysregulate the activity of the protease. Using X-ray crystallography, we found that these compounds bind at surface hydrophobic pockets of ClpP preventing ClpX interaction. N-terminome profiling of cancer cells upon treatment with one of these compounds revealed the global proteomic changes that arise and identified the structural motifs preferred for protein cleavage by compound-activated ClpP. Together, our studies provide the structural and molecular bases by which dysregulated ClpP affects cancer cell viability and proliferation. Canadian Institutes of Health Research (PJT-173345) Canadian Cancer Society Innovation Grant (Grant #706282)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,022

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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