Abstract 1828 Biochemical characterization of DHAPAT, the first enzyme in ether lipid biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Ether lipids are a type of glycerophospholipid with an alkyl tail attached to the sn-1 position of the glycerol backbone. They are found enriched in the central nervous system. Defects in ether lipid synthesis lead to severe human conditions including Zellweger syndrome and rhizomelic chrondrodysplasia punctata. The latter presents with congenital cataracts, skeletal and facial deformities, and childhood mortality. The first acylation step in the synthesis of ether lipids occurs in peroxisomes, and is catalyzed by the enzyme DiHydroxyAcetone Phosphate AcylTransferase (DHAPAT EC2.3.1.42). DHAPAT has a peroxisomal targeting signal type 1 (PTS1) at the carboxy-end and no predicted membrane domains or lipid binding motifs. We have devised a functional assay in yeast where full length DHAPAT was able to support life of a yeast devoid of endogenous acyltransferases (ΔAT yeast). This was dependent on DHAPAT activity and the presence of the residues encoded by the first three exons. Despite being expressed at similar levels as the wild type, a catalytically dead mutant or an amino-end truncated version failed to support life of ΔAT yeast. Furthermore, a version lacking exon 2 (V2) resulted in the inability to rescue life of ΔAT yeast. Where full length DHAPAT localizes to both peroxisomes and lipid droplets in yeast, V2 localizes exclusively to peroxisomes. Interestingly, putative amphipathic helices (AHs) were identified within the region encoded by exons 2 and 3. In this work, we show that the amino-end containing these AHs binds membranes rich in phosphatidic acid and is able to direct GFP localization to lipid droplets in yeast. Our results suggest the amino-end of DHAPAT mediates its interaction with membranes and modulates its targeting priority to peroxisomes, which could be assisted by lipid droplets. This work has been financially supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC) grant to VZ and the Alberta Graduate Excellence Scholarship, and Graeme Bell and Norma Kay Sullivan-Bell Graduate Scholarship in Biology to VL.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».