Abstract 1862 Shining light on lipid metabolism: using live fluorescence imaging and novel lipid probes to characterize a putative lipase in yeast
Notice bibliographique
Résumé
Lipid Metabolism, Diacylglycerol, Yeast Genetics, Protein-Protein interactions Diacylglycerol (DAG) was the first lipid second messenger to be discovered in the canonical activation pathway of protein kinase C (PKC).The informational outcomes of DAG seem to be intimately connected with its spatial distribution within the cell necessitating methods to track its different cellular pools.We have previously developed a fluorescent DAG probe based on the C1 domain of PKCδ to monitor cytoplasmic facing pools of DAG in yeast using fluorescence live microscopy.Two pools of DAG were identified in both the vacuole and at sites of polarized growth.To better understand how DAG distribution is regulated, a genome-wide, high-throughput imaging screen surveying single knockout and hypomorphic yeast collections expressing the DAG probe was conducted.From the ⁓6,000 strains imaged, we have identified a discrete group of mutant strains where DAG localized predominantly to the plasma membrane.The most extreme phenotype in this category was observed in a mutant producing a truncated version of an uncharacterized putative lipase, which we have named DAG related lipase 1 (DRL1).It was determined that the abnormal DAG phenotype depended on both the catalytic activity of DRL1 as well as its carboxy-end, as these were both requisites for reversion of the knock out phenotype.A comparative protein-protein interaction analysis using GFP-trap technology, as well as proximity dependent biotinylation (BioID), implicates Drl1 as an interactor with members of the Sec14 family of phosphatidylinositol transfer proteins (PITPs).This study aims to tackle one of the 1000 functionally uncharacterized genes in S. cerevisiae while also setting the groundwork for understanding DAG dynamics and regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».