Differential enrichment of bacteria and phages in the vaginal microbiomes in PCOS and obesity: shotgun sequencing analysis
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Previous research has linked vaginal bacteria to polycystic ovary syndrome (PCOS) and obesity in women, yet the specific disparities in vaginal microbiota between these conditions remain unclear. Methods In this study, we aimed to elucidate the contribution of dysregulated vaginal microbiota to PCOS and obesity by analyzing the vaginal microbiota in reproductive-aged women with and without PCOS, as well as obese and non-obese women, using shotgun sequencing. Results Swab specimens were collected from four groups of subjects: PCOS and obese, PCOS and non-obese, non-PCOS and obese, and non-PCOS and non-obese. A total of 333 bacteria and 24 viruses/phages were identified to the species level. Clustering analysis revealed that non-PCOS and non-obese individuals exhibit a similar “healthy” vaginal microbiome, while both obesity and PCOS were associated with microbial dysbiosis. Significant differences in abundance were observed for 26 bacterial species and 6 phages/viruses between groups. Notably, pathobionts such as Streptococcus pyogenes , Leptospira santarosai , Citrobacter amalonaticus , Listeria ivanovii , and Clostridium perfringens were significantly less abundant or absent in the non-PCOS and non-obese group. Furthermore, the abundance of Lactobacillus , Pseudomonas bacteria, and their corresponding phages exhibited positive correlations. Lactobacillus bacteria, lactobacillus phage, and pseudomonas phage/virus were identified as indicators of a healthy vaginal microbiome. Importantly, the differentially enriched bacteria in the PCOS and obesity groups were distinct. Discussion This study confirms that PCOS and obesity are associated with differing enrichment of bacteria and viruses/phages, with both conditions linked to microbial dysbiosis. Moreover, our findings suggest that vaginal phage diversity is associated with a healthy vaginal microbiota, while dysbiosis is associated with a decrease in phages alongside increased bacterial diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».