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Enregistrement W4393189795 · doi:10.1101/2024.03.22.24304594

Expanding the genetics and phenotypes of ocular congenital cranial dysinnervation disorders

2024· preprint· en· W4393189795 sur OpenAlexfundno aff
Julie A. Jurgens, Brenda J. Barry, Wai‐Man Chan, Sarah MacKinnon, Mary C. Whitman, Paola M. Matos Ruiz, Brandon M. Pratt, Eleina England, Lynn Pais, Gabrielle Lemire, Emily Groopman, Carmen Glaze, Kathryn A. Russell, Moriel Singer‐Berk, Silvio Alessandro Di Gioia, Arthur S. Lee, Caroline Andrews, Sherin Shaaban, Megan M. Wirth, Sarah Bekele, Melissa Toffoloni, Victoria R. Bradford, Emma E. Foster, Lindsay Berube, Cristina Rivera-Quiles, Fiona M. Mensching, Alba Sanchis-Juan, Jack Fu, Isaac Wong, Xuefang Zhao, Michael W. Wilson, Ben Weisburd, Monkol Lek, Harrison Brand, Michael E. Talkowski, Daniel G. MacArthur, Anne O’Donnell‐Luria, Caroline D. Robson, David G. Hunter, Elizabeth C. Engle

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueOcular Disorders and Treatments
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilSilicon Valley Community FoundationFonds de Recherche du Québec - SantéManton Center for Orphan Disease Research, Boston Children's HospitalNational Health and Medical Research CouncilBroad Institute
Mots-clésGeneticsPhenocopyPhenotypeBiologyPedigree chartProbandMendelian inheritanceGeneGenetic heterogeneityExome sequencingCandidate geneMedical geneticsGenome-wide association studyExomeAllelic heterogeneitySingle-nucleotide polymorphismMutationGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Purpose To identify genetic etiologies and genotype/phenotype associations for unsolved ocular congenital cranial dysinnervation disorders (oCCDDs). Methods We coupled phenotyping with exome or genome sequencing of 467 pedigrees with genetically unsolved oCCDDs, integrating analyses of pedigrees, human and animal model phenotypes, and de novo variants to identify rare candidate single nucleotide variants, insertion/deletions, and structural variants disrupting protein-coding regions. Prioritized variants were classified for pathogenicity and evaluated for genotype/phenotype correlations. Results Analyses elucidated phenotypic subgroups, identified pathogenic/likely pathogenic variant(s) in 43/467 probands (9.2%), and prioritized variants of uncertain significance in 70/467 additional probands (15.0%). These included known and novel variants in established oCCDD genes, genes associated with syndromes that sometimes include oCCDDs (e.g., MYH10, KIF21B, TGFBR2, TUBB6), genes that fit the syndromic component of the phenotype but had no prior oCCDD association (e.g., CDK13, TGFB2 ), genes with no reported association with oCCDDs or the syndromic phenotypes (e.g., TUBA4A, KIF5C, CTNNA1, KLB, FGF21 ), and genes associated with oCCDD phenocopies that had resulted in misdiagnoses. Conclusion This study suggests that unsolved oCCDDs are clinically and genetically heterogeneous disorders often overlapping other Mendelian conditions and nominates many candidates for future replication and functional studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,225
Score d'incertitude au seuil0,609

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,249
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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