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Enregistrement W4393216799 · doi:10.1101/2024.03.27.586912

A panel of phenotypically and genotypically diverse bioluminescent:fluorescent <i>Trypanosoma cruzi</i> strains as a resource for Chagas disease research

2024· preprint· en· W4393216799 sur OpenAlexaff
Francisco Olmo, Shiromani Jayawardhana, Archie A. Khan, Harry C. Langston, Amanda Fortes Francisco, Richard L. Atherton, Alex I. Ward, Martin C. Taylor, John M. Kelly, Michael D. Lewis

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTrypanosoma species research and implications
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesDrugs for Neglected Diseases initiativeMedical Research CouncilDepartment for International DevelopmentBundesministerium für Bildung und Forschung
Mots-clésTrypanosoma cruziBioluminescenceBiologyChagas diseaseMicrobiologyVirologyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Chagas disease is caused by Trypanosoma cruzi , a protozoan parasite that displays considerable genetic diversity. Infections result in a range of pathological outcomes, and different strains can exhibit a wide spectrum of anti-parasitic drug tolerance. The genetic determinants of infectivity, virulence and therapeutic susceptibility remain largely unknown. As experimental tools to address these issues, we have generated a panel of bioluminescent:fluorescent parasite strains that cover the diversity of the T. cruzi species. These reporters allow spatio-temporal infection dynamics in murine models to be monitored in a non-invasive manner by in vivo imaging, provide a capability to detect rare infection foci at single-cell resolution, and represent a valuable resource for investigating virulence and host:parasite interactions at a mechanistic level. Importantly, these parasite reporter strains can also contribute to the Chagas disease drug screening cascade by ensuring that candidate compounds have pan-species in vivo activity prior to being advanced into clinical testing. The parasite strains described in this paper are available on request. AUTHOR SUMMARY Chagas disease results from infection with the protozoan parasite Trypanosoma cruzi and is a major public health problem throughout Latin America. T. cruzi is a genetically diverse species and infection can result in a wide range of pathological outcomes, mainly associated with the heart and/or digestive tract. Research on Chagas disease, ranging from fundamental biology to drug development, has been greatly aided by the availability of genetically modified parasite reporter strains that express bioluminescent:fluorescent fusion proteins. In combination with mouse models and imaging technology, these strains allow infections to be monitored in real-time, with high sensitivity, and infection foci to be visualised at single-cell resolution. Here, we describe an extensive panel of bioluminescent and fluorescent strains that cover the diversity of the T. cruzi species. These reporter strains, that are available on request, should have wide utility in many areas of Chagas disease research. In particular, as part of the drug development screening programme, they can be used to ensure that candidate compounds have in vivo activity across the species prior to being advanced into clinical testing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,315
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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