MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W4393310313 · doi:10.1101/2024.03.27.587099

Role of Y box-binding protein 1 (Ybx1/ <i>ybx1</i> ) in zebrafish folliculogenesis: Promoting follicle cell proliferation via suppression of cell cycle inhibitor p21 ( <i>cdkn1a</i> )

2024· preprint· en· W4393310313 sur OpenAlexaff
Bo Zhu, Zhiwei Zhang, Lakhansing Pardeshi, Yingying Chen, Wei Ge

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and Clinical Aspects of Sex Determination and Chromosomal Abnormalities
Établissements canadiensInstitute of Aging
Organismes subventionnairesFundo para o Desenvolvimento das Ciências e da TecnologiaUniversidade de MacauNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésFolliculogenesisCell biologyZebrafishCell cycleCell growthChemistryCellBiologyEmbryogenesisEmbryoGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Y box-binding protein 1 (YB-1; Ybx1/ ybx1 ) regulates transcription and translation of targeted genes through DNA/RNA-binding. Our research in zebrafish has revealed a high abundance of Ybx1 in the primary growth (PG) follicles in the ovary, which decreases precipitously as the follicles enter the secondary growth (SG) phase. To understand the function of Ybx1 in folliculogenesis, we created an ybx1 mutant using TALEN and observed a disruption in folliculogenesis in the mutant ( ybx1 -/-) during the transition from previtellogenic (PV) to early vitellogenic (EV) stage of the SG phase, resulting in underdeveloped ovaries and reduced female fertility. Transcriptome and Western blot analyses identified several differentially expressed genes between mutant ( ybx1 -/-) and control ( ybx1 +/-) ovaries. Notably, the expression of cdkn1a (p21), a cell cycle inhibitor, increased dramatically in ybx1 -/- follicles. Disrupting cdkn1a gene with CRISPR/Cas9 resulted in embryonic lethality. In p21 heterozygote ( cdkn1a+/- ), however, follicle activation and maturation in the ovary were both advanced, contrasting with the ybx1-/- mutant. Interestingly, partial loss of p21 could alleviate the phenotype of ybx1 -/-. Folliculogenesis resumed in ybx1 -/- ;p21 +/- females with normal follicle activation (PG-PV transition) and vitellogenic growth (PV-EV transition). Interestingly, the follicle cells from the ybx1 -/- mutant displayed a poor proliferative activity both in vivo and in vitro; however, the cells from the ybx1 -/- ;p21 +/- follicles resumed normal proliferation. In conclusion, our study suggests that Ybx1 serves a pivotal role in controlling early folliculogenesis in zebrafish, and its acts, at least partly, by repressing the expression of cdkn1a, a cell cycle inhibitor.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,205
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)→Même sujetGenetic and Clinical Aspects of Sex Determination and Chromosomal Abnormalities→Travaux en français237 207→