Building a Collaborative DNA Barcode Library for the Diptera of Churchill, Canada: A Resource for Northern Research
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Churchill, Manitoba, Canada is a diverse subarctic region that has been the focus of DNA barcoding efforts and research for decades. Despite this effort, there are still taxa in this region that are underrepresented in public databases, particularly hyper diverse insect groups. We present a collaborative large-scale DNA barcode reference library for Diptera based on molecular data and expert taxonomic identification, and we explore habitat occupancy, biogeographic patterns, and molecular evolution. The reference library contains 16786 specimens sampled around Churchill from 2005 to 2011. Selected specimens were identified by morphological means, sequenced for the animal barcode marker, and sorted into 2225 Molecular Operational Taxonomic Units (using Barcode Index Numbers: BINs) representing 68 families and 1216 named species. Eighty-five species shared a BIN with another species, 143 species were split across several BINs, and 990 species were assigned to a unique BIN, including 129 BINs new to the Barcode of Life Data System. The intraspecific and nearest neighbour distances varied across families, but most species can be easily distinguished from their nearest neighbours. By combining molecular data with taxonomic expertise, the barcode library provides species-level information for 12608 specimens, supplying future researchers with detailed taxonomic information and the opportunity to perform barcode-based specimen identifications for large-scale studies through sequence matching. Comparison of the Diptera composition of Churchill to other subarctic regions reflected likely postglacial colonization northwards as well as a Beringian and circumpolar component. This study also provides an initial investigation of molecular evolution in the best-represented species and finds variability in the rate of molecular evolution, opening intriguing avenues for further investigation. This study provides a publicly available, detailed reference library for use in future research, as well as new insights into the current diversity and taxonomic composition of Diptera present among the diverse habitats of Churchill.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,011 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,006 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».