Iterative Bleaching Extends Multiplexity (IBEX) Knowledge-Base
Notice bibliographique
Résumé
The Iterative Bleaching Extends Multiplexity (IBEX) imaging method is an iterative immunolabeling and chemical bleaching method that enables highly multiplexed imaging of diverse tissues. Development of the IBEX method and related software was led by Dr. Andrea Radtke and Dr. Ziv Yaniv. IBEX and related methods, Ce3D, Ce3D-IBEX, Opal-plex, were originally developed in the laboratory of Dr. Ronald N. Germain, US National Institutes of Health. The IBEX Imaging Community is an international group of scientists committed to sharing knowledge related to multiplexed imaging in a transparent and collaborative manner. This open, global repository is a central resource for reagents, protocols, panels, publications, software, and datasets. In addition to IBEX, we support standard, single cycle multiplexed imaging (Multiplexed 2D imaging), volume imaging of cleared tissues with clearing enhanced 3D (Ce3D), highly multiplexed 3D imaging (Ce3D-IBEX), and extension of the IBEX dye inactivation protocol to the Leica Cell DIVE (Cell DIVE-IBEX). This dataset contains the current state of knowledge with respect to the IBEX microscopy imaging protocol. How to use the Knowledge-Base: Save a copy to your computer. To find a reagent: Open the reagent_resources.csv file found in the data directory. Use a spreadsheet application to filter the columns based on target name, target species, vendor, etc. To view a complete list of fluorescent probes tested by the IBEX imaging community: Open the fluorescent_probes.csv file. This file reports the spectral properties and inactivation conditions of each fluorescent probe. To import publications cited in the Knowledge-Base, import the publications.bib file found in the data directory to your reference manager. To view a local copy of the website: Open the index.md file found in the docs directory using a markdown editor such as the free Visual Studio Code. To view supporting information for a reagent (images, publications, notes): Open a specific target-conjugate-orcid combination under the docs-supporting_material directory structure using a markdown editor. This can also be visualized from the Reagent Resources page and filtered using a catalog number or other unique identifier in your web browser. Join the online IBEX Imaging community and contribute your knowledge. For more details on how to contribute, see these instructions. This research was supported by: The Intramural Research Program of the NIH, National Institute of Allergy and Infectious Diseases and National Cancer Institute, under grants 1ZIAAI001290-02, 1ZIAAI000545-33, 1ZIAAI000758-24, 1ZIAAI000974-16, 1ZIAAI001034-14. The Wellcome Trust, under grant 224586/Z/21/Z. The National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH, under grant 1ZIAAI001343-01.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,011 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,008 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,010 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,073 | 0,084 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».