Supplementary Dataset for Saeed et al. 2021: Evolution and Functions of Plant U-box proteins (PUBs): From protein quality control to signalling
Notice bibliographique
Résumé
This record contains additional information and a supplementary dataset of sequence alignment files and phylograms that support the publication: Saeed B, Trenner J, Monaghan J, Quint M, Shabek N, Trujillo M. 2021. Evolution and Functions of Plant U-box proteins (PUBs): From protein quality control to signalling. (submitted to Annual Review of Plant Biology) included files: Additional information.pdf This file contains Supplementary Methods and References for the phylogenetic analyses. Ubox_full_protein_maximum_likelihood_phylogram_linear.pdf A multiple protein sequence alignment by MAFFT (22) of 1121 U-box protein sequences from 21 species and four outgroup sequences containing a RING finger domain (A. thaliana RBX1, A. thaliana RMA1, S. cerevisiae RAD18, Homo sapiens TRAF6 ) was used to infer a phylogenetic tree by maximum likelihood with IQ-TREE (31, 32). The implemented ultrafast bootstrap approximation, set to 2000 bootstrap samples, was used for branch support (17). The consensus tree was annotated using iTOL (25). Ubox_domain_maximum_likelihood_phylogram_linear.pdf In order to analyse specifically the evolution of the U-box domain, the U-box domain of the final 1121 U-box protein sequences as well as the RING finger domain of the four outgroup sequences were isolated and aligned by MAFFT (22). The U-box domain alignment was then used to infer a phylogenetic tree by maximum likelihood with IQ-TREE (31, 32). The implemented ultrafast bootstrap approximation, set to 2000 bootstrap samples, was used for branch support (17). The consensus tree was annotated using iTOL (25). This tree was used to interpret the evolutionary history of U-box proteins in the main text. MAFFT_alignment _1121seqs_Ubox_full_protein_plus_4seqs_RING_outgroup.fasta Multiple protein sequences alignment by MAFFT (22) of 1121 U-box full length protein sequences and four RING finger protein sequences, FASTA formatted. MAFFT_alignment _1121seqs_Ubox_domain_plus_4seqs_RING_outgroup.fasta Multiple protein sequences alignment by MAFFT (22) of U-box domain sequences of 1121 U-box protein and four RING finger domain sequences of outgroup sequences, FASTA formatted. Ubox_protein_sequences_information.xlsx Spreadsheet with sequence ID information and source databases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,671 | 0,325 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».