Preliminary investigation of caspase6 cleavage of HTT and HTT-HAP40 2019/07/15
Notice bibliographique
Résumé
Project: Structural and functional analysis of huntingtin protein Experiment: Preliminary investigation of caspase6 cleavage of HTT and HTT-HAP40 Date: 2019/07/15 Background: HTT is cleaved by numerous enzymes to generate protein fragments, many of which have implications for disease pathogenesis (reviewed by Saudou et al (2016) Neuron). However, very few of these proteases have been assessed for their cleavage of purified HTT protein or HTT-HAP40 protein samples. Caspase-6 cleavage of HTT has been reported to generate a aa. 1-586 fragment. However, it is not clear how HAP40 binding of HTT might affect cleavage by caspase-6 or release of this fragment from the complex structure. The caspase-6 cleavage site is in the intrinsically disordered region, distal from the globular structure. How cleavage might release a 1-586 fragment from the remainder of the structure remains incompletely understood. Rationale: In this experiments I am aiming to optimise conditions for caspase-6 cleavage to test how proteolytic cleavage of HTT affects “pathogenic” fragment formation for apo vs HAP40-bound HTT.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,029 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».