Data Associated With "A Collaborative Filtering Based Approach To Biomedical Knowledge Discovery"
Notice bibliographique
Résumé
This is the data set associated with the publication: "A collaborative filtering based approach to biomedical knowledge discovery" published in Bioinformatics. The data are sets of cooccurrences of biomedical terms extracted from published abstracts and full text articles. The cooccurrences are then represented in sparse matrix form. There are three different splits of this data denoted by the prefix number on the files. 1. All - All cooccurrences combined in a single file 2. Training/Validation - All cooccurrences in publications before 2010 in training, all novel cooccurrences in publication in 2010 go in validation 3. Training+Validation/Test - All cooccurrences in publication upto and including 2010 in training+validation. All novel cooccurrences after 2010 in year by year increments and also all combined together Furthermore there are subset files which are used in some experiments to deal with the computational cost of evaluating the full set. The associated cuids.txt file containing a link between the row/column in the matrix with the UMLS Metathesaurus CUIDs. Hence the first row of cuids.txt matches up to the 0th row/column in the matrix. Note that the matrix is square and symmetric. This work was done with UMLS Metathesaurus 2016AB.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,021 | 0,020 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».