Quantitative magnetic resonance imaging of Scots pine seeds and the assessment of germination potential
Notice bibliographique
Résumé
This dataset contains all the raw source data and MATLAB analysis functions that comprise the study: Quantitative magnetic resonance imaging of Scots pine seeds and the assessment of germination potential Canadian Journal of Forest Research | DOI: 10.1139/cjfr-2021-0273. Tuomainen, TV (1), Himanen, K (2), Helenius, P (2), Kettunen, MI (3), Nissi, MJ (1,4)* 1. University of Eastern Finland, Department of Applied Physics, Kuopio, Finland 2. Natural Resources Institute Finland, Suonenjoki Unit, Suonenjoki, Finland. 3. University of Eastern Finland, Kuopio Biomedical Imaging Unit, A.I. Virtanen Institute for Molecular Sciences, Kuopio, Finland 4. University of Oulu, Research Unit of Medical Imaging, Physics and Technology, Oulu, Finland *Corresponding author: Mikko J. Nissi Department of Applied Physics, University of Eastern Finland POB 1627 FI-70211, Kuopio, Finland mikko.nissi@uef.fi +358-50-5955517 Keywords: Pinus sylvestris, seed germination, MRI, radiography, relaxation time mapping Study and data description Altogether 90 Scots pine (Pinus sylvestris L.) seeds were MR imaged using RAREVTR, MSME, MGE and ZTE pulse sequences with reference radiograph from each seed. The data includes MR images and relaxation time data as well as individual X ray radiographs of Scots pine seeds. The data includes all data ('fid' and '2dseq' for MRI, and .jpeg/.png for radiographs), metadata (acquisition and reconstruction MRI parameters), figures of manuscript, and calculated relaxation time maps (in MATLAB MAT-file format). Included folders and files in the zenodo_repo_scotspine_MRI_zip_20012022 are: additional_info_scotspine: Information on the seed batches, their germination and structure in .xlsx file format. Translated into English from Finnish on 06.10.2021. manuscript_figures: Figures in .eps vector file format (fig1.eps-fig7.eps) matlab_scripts: Contains MATLAB functions and scripts for data analysis of the MRI data, processed together with 'aedes' GUI (aedes.uef.fi/, redirects to github.com). mri_scotspine: Contains the MRI data using 5 mm and 10 mm RF coils at 11.7 T (Bruker). The folders 'discard_folder/' contain ZTE data that are not processed with carbon_collector.m MATLAB script (i.e. processed separately). radiography_scotspine: Contains radiographs of invidual seeds in two folders: old (lower resolution, Faxitron MX-20, Faxitron Bioptics LLC, Tucson, Az, USA) and new (higher resolution, Faxitron MultiFocus, Faxitron Bioptics LLC, Tucson, Az, USA). readme.txt: More information on the file and folder structure and datatypes. Please see the included readme.txt for further details. (Teemu Tuomainen, Jan 25, 2022)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».