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Enregistrement W4393735800 · doi:10.5281/zenodo.3063128

Raw diffraction images of the first bromodomain of human BRD4 in complex with (+)-JD1

2020· dataset· en· W4393735800 sur OpenAlexaff
T. Krojer

Notice bibliographique

RevueZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) · 2020
Typedataset
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensStructural Genomics Consortium
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBromodomainBRD4Computer scienceBiologyGeneticsHistoneDNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Raw diffraction images of the first bromodomain of human BRD4 in complex with (+)-JD1, an Organometallic BET Bromodomain Inhibitor. The final structure is deposited in the Protein Data Bank under accession code 6SE4. The structure is part of the following publication: Hassell-Hart, S., Runcie, A., Krojer, T., Doyle, J., Lineham, E., Ocasio, C.A., Neto, B.A.D., Fedorov, O., Marsh, G., Maple, H., et al. (2019). Synthesis and Biological Investigation of (+)-JD1, an Organometallic BET Bromodomain Inhibitor. Organometallics. doi: 10.1021/acs.organomet.9b00750. Additional information: dataset: BRD4A-JD1_i03 beamline: Diamond Light Source I03 visit: mx19301-7 date: 25-11-2018 Flux: 2.03e+11 Ω Start: 0.0° Ω Osc: 0.15° Ω Overlap: 0° No. Images: 1200 Resolution: 1.50Å Wavelength: 0.9762Å Exposure: 0.030s Transmission: 100.00% Beamsize: 80x20μm datasets: BRD4A-JD1_i04 beamline: Diamond Light Source I04 visit: mx19301-9 date: 08-12-2018 Flux: 6.62e+11 Ω Start: 0.0° Ω Osc: 0.50° Ω Overlap: 0° No. Images: 720 Resolution: 2.30Å Wavelength: 1.7384Å Exposure: 0.050s Transmission: 100.00% Beamsize: 32x20μm Additionally, a cif file containing refinement restraints and a png file for the ligand JD1 is included.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,092
Score d'incertitude au seuil0,308

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0020,005
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0920,016

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
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Résumé présentoui

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