Data collection for Tsuji et al., 2020, Type I photosynthetic reaction center in an anoxygenic phototrophic member of the Chloroflexota
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary data files associated with Tsuji et al., 2021, "Type I photosynthetic reaction center in an anoxygenic phototrophic member of the Chloroflexota". These files are used by code in a corresponding GitHub repository (https://github.com/jmtsuji/Ca-Chlorohelix-allophototropha-RCI) that shows how various analyses that are presented in the paper were conducted. Files included: Capt_S15_sequencer_data_raw.tar.gz -- Gzipped tarball containing the raw Illumina MiSeq output data for the 'Candidatus Chlorohelix allophototropha' subculture 15 sequencing run. The run represents a read cloud sequencing run relying on TELL-Seq technology. Indices can be parsed directly from raw output data using the Tell-Read pipeline. scaffold.full.fasta.gz -- the assembled scaffolds generated using Tell-Read and Tell-Link on the above raw MiSeq output data. Ca_Chx_allophototropha_L227-S17_prokka_ORFs.faa.gz and Ca_Chloroheliaceae_bin_L227_5C_prokka_ORFs.faa.gz -- predicted open reading frames (ORFs) from the curated genomes of 'Candidatus Chlorohelix allophototropha' and 'Candidatus Chloroheliales bin L227-5C', respectively. These ORFs were predicted using prokka and were used for the analyses presented in the paper. They are similar to, but differ somewhat from, the ORFs predicted by the NCBI gene annotation pipeline that was used upon uploading the genomes to the NCBI Genbank database. Thus, these original ORF files are provided for reference in case comparison is ever needed to the publicly accessible Genbank files. I_TASSER_homology_models_full_output.tar.gz -- Gzipped tarball containing the full output from I-TASSER for homology models of key phototrophy-related genes encoded by 'Candidatus Chlorohelix allophototropha' and 'Candidatus Chloroheliales bin L227-5C'. After unpacking the tarball, view a summary of the I-TASSER output for each gene by clicking on the 'index.html' file in that gene's folder. lake_survey_MAGs.tar.gz -- Gzipped tarball containing the full collection of 756 metagenome-assembled genomes (MAGs) recovered from the Boreal Shield lake survey, corresponding to those mentioned in Supplementary Data 3. The FastA nucleotide genome sequences, FastA nucleotide predicted protein-coding gene sequences, FastA amino acid predicted protein sequences, and Genome Flat Files (GFFs) for all genomes are provided in the fna, ffn, faa, and gff subdirectories, respectively. lake_survey_MAGs_eggnog_annotations.tar.gz -- Gzipped tarball containing annotations (produced via EggNOG) for all predicted proteins among the 756 MAGs recovered from lake metagenome data. Because proteins were pre-clustered prior to annotation, a "orf2gene" file inside the tarball maps the gene clusters to the ORF IDs used for each genome. lake_survey_MAGs_featureCounts.tsv.gz -- GZipped tab-separated table containing the mapping statistics of metatranscriptome reads on all protein-coding genes from the 756 MAGs recovered from lake metagenome data. lake_survey_Ca_Chloroheliales_MAGs_info.tar.gz -- A subset of information from the previous three files specific to genome bins ELA319 and ELA729, which represent RCI-encoding "Ca. Chloroheliales" members.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,278 | 0,145 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».