Phylogenetic reconstruction and functional characterization of the ancestral Nef protein of primate lentiviruses
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary data accompanying the manuscript "Phylogenetic reconstruction and functional characterization of the ancestral Nef protein of primate lentiviruses". group_m_ancestry_consensus_gaps_removed.afa - consensus amino acid sequences for ancestral reconstructions at the six internal nodes in FASTA format node35.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions at the root of the primate lentivirus phylogeny (node 35) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution node51.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions for the common ancestor of HIV-1 and SIVsun (node 51) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution node52.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions for the common ancestor of HIV-1 and SIVcpz (node 52) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution node55.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions for the common ancestor of HIV-1 and SIVcpzptt (node 55) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution node56.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions for the common ancestor of HIV-1 groups M and N and SIVcpzptt (node 56) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution node59.fa.mafft - multiple sequence alignment of ancestral amino acid sequence reconstructions for the common ancestor of HIV-1 group M (node 59) for 1,000 trees sampled from the posterior distribution
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,065 | 0,013 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».